2003/2004: HAJDUK
MEĐIMURJE I PULA 1856 U 1. LIGI
Hajduk je u napetoj završnici po peti puta postao prvak Hrvatske, no veliku mrlju ostavila je smjena najzaslužnijeg - trenera Zorana Vulića - tri kola prije kraja. Dinamo je osvojio Kup, dok je Rijeka predvođena Ivanom Katalinićem izborila Kup UEFA. Zagreb je u zadnjim kolima spasio sezonu i osigurao ostanak, što nije uspjelo Marsoniji i Cibaliji (izgubila u doigravanju od Međimurja). Novi prvoligaši su Pula 1856 i Međimurje, kojima je to povijesni ulazak u društvo najboljih.
Najbolji strijelac: 18 - Robert Špehar (Osijek)
----------------------------------------------------------------------------------------------
2002/2003: DINAMO
POVRATAK MARSONIJE I INKERA
Dinamo je nakon 2000. osvojio naslov prvaka, koji mu je sedmi naslov u HNL-u. Branitelj naslova Zagreb igrao je daleko lošije od prethodne sezone, pa je imao i duplo manje bodova od Dinama. U ligi za prvaka igalo se "bezveze", jer su razlike u bodovima bile velike, pa su klubovima utakmice bile nebitne. Tako je Varteks zadnjih 7-8 kola igrao u kombiniranom sastavu, pripremajući momčad za narednu sezonu. Jedino je interesantno bilo u Ligi za ostanak, iz koje je direktno ispao Šibenik, dok je Pomorac ispao nakon dodatnih kvalifikacija sa Inkerom. Novi prvoligaši tako su postali povratnici u Prvu ligu - Marsonia i Inker.
Najbolji strijelac: 16 - Ivica Olić (Dinamo)
----------------------------------------------------------------------------------------------
2001/2002: ZAGREB
DRAGOVOLJAC ISPAO NAKON 6 GODINA
Po prvi puta u povijesti naslov je osvojio Zagreb, predvođen sjajnim trenerom Zlatkom Kranjčarom, koji je u momčadi imao napad iz snova - Ivicu Olića i Petra Krpana. Najveće iznenađenje bilo je ispadanje Hrvatskog Dragovoljca nakon šest godina, a njemu su se u drugoj ligi pridružili Čakovec, Marsonia i TŠK.
Najbolji strijelac: 21 - Ivica Olić (Zagreb)
----------------------------------------------------------------------------------------------
1999/2000: DINAMO
DINAMO PRVAK PETI PUT ZAREDOM
U ligi 12, trokružnim sistemom, Dinamo je sa 14 bodova prednosti postao prvak (peti put zaredom). Ispala su oba novaka lige Vukovar '91. i Istra, a u Prvu HNL su ušli Čakovec i Marsonia.
Najbolji strijelac: 21 - Tomislav Šokota (Dinamo)
----------------------------------------------------------------------------------------------
2000/2001: HAJDUK
HAJDUK PREKINUO DOMINACIJU DINAMA
Opet se igrala liga 12 sa playoffom i playoutom. Hajduk je prekinuo dominaciju Dinama i prvi put nakon 1994. postao prvak. Iz lige nitko nije ispao (zašto se igrao playout???), a ušli su Pomorac, Zadar, TŠK i Kamen Ingrad.
Najbolji strijelac: 20 - Tomislav Šokota (Dinamo)
----------------------------------------------------------------------------------------------
1998/1999: CROATIA
SUDAC KREČAK ODLUČIO PRVAKA
U najkontroverznijoj sezoni 1. HNL Rijeci je u zadnjoj minuti zadnjeg kola protiv Osijeka na Kantridi poništen regularan pogodak kojim bi postali prvaci (pomoćni sudac Krečak iz Šibenika mahao je zaleđe), pa je tako prvak postala Croatia. Iz lige ispadaju Zadar i Mladost 127, a ušli su Vukovar '91. i Istra.
Najbolji strijelac: 21 - Joško Popović (Šibenik)
----------------------------------------------------------------------------------------------
1997/1998: CROATIA
CROATIA NASTAVILA DOMINACIJU
Croatia je nastavila svoju dominaciju i sa velikom bodovnom razlikom postala prvak treći put zaredom. Odličan rezultat ostvario je Zadar, koji je uspio ući u Ligu za prvaka. U ligi za ostanak najslabiji je bio Samobor i umjesto njega u ligu se nakon jedne sezone vraća vinkovačka Cibalia.
Najbolji strijelac: 18 - Mate Baturina (Zagreb)
----------------------------------------------------------------------------------------------
1996/1997: CROATIA
CROATIA UVJERLJIVO DO NASLOVA
Sa čak 21 bodom prednosti i 90 postignutih golova Croatia je osvojila prvenstvo. Hrvatski Dragovoljac (proslogodišnji drugoligaš) izborio je 3. mjesto i nastup u Intertoto kupu. Iz lige je uz Cibaliju, Orijent i Istru ispao i Inker, osvajač prvog Hrvatskog  kupa. Kroz posebne kvalifikacije u prvu ligu su ušli Samobor i Slaven Belupo.
Najbolji strijelac: 20 - Igor Cvitanović (Croatia)
----------------------------------------------------------------------------------------------
1995/1996: CROATIA
DRUGOLIGAŠ U BORBI ZA PRVAKA
Nakon odigrana 22 kola igrale su se liga za
prvaka i liga za ostanak. Interesantno, u ligi za prvaka igrao je i prvak jesenskog dijela 2. HNL (???) Hrvatski Dragovoljac. Liga za  ostanak bila je beznačajna jer nitko ispadao. Prvak je postala Croatia. Novi članovi lige su Hrvatski Dragovoljac, Mladost 127, Orijent i Zadarkomerc.
Najbolji strijelac: 20 - Igor Cvitanović (Croatia)
----------------------------------------------------------------------------------------------
1994/1995: HAJDUK
HAJDUK OBRANIO NASLOV
Hajduk je nastavio s dobrim rezultatima i drugi put zaredom postao prvak Hrvatske. Novak u ligi Marsonia sezonu je završila na
odličnom 5. mjestu. Ispali su Belišće, Primorac, Neretva i Zadar. Kreće liga 12.
Najbolji strijelac: 24 - Robert Špehar (Osijek)
----------------------------------------------------------------------------------------------
1993/1994: HAJDUK
HAJDUK PRVAK
U kvalitetom razvodnjenoj ligi Hajduk je u neizvjesnoj završnici postao prvak. Sa 18
klubova, prelazi se na ligu sa 16 klubova
tako da su Marsonia i Neretva ušli u 1. ligu
umjesto Dubrovnika, Dubrave, Pazinke i Radnika (primio 109 golova, osvojio samo 8 bodova). Od slijedeće sezone za pobjedu se dobivaju tri boda.
Najbolji strijelac: 29 - Goran Vlaović (Croatia)
----------------------------------------------------------------------------------------------
1992/1993: CROATIA
CROATIA PRVAK, NITKO NE ISPADA
U ligi 16 najbolja je bila Croatia koja je dominirala igrom i efikasnošću. Opet nitko nije ispao, a 17. i 18. članovi lige postali su Dubrava i Primorac.
Najbolji strijelac: 22 - Goran Vlaović (Croatia)
----------------------------------------------------------------------------------------------
1992: HAJDUK
HAJDUK PRVI PRVAK HRVATSKE
U prvoj sezoni 1. HNL startalo je 12 klubova, koji su igrali trokružno, a prvak je bio Hajduk. Istaknuo se i Zagreb sa samo 9 primljenih golova u 22 utakmice. Liga je povećana na 16 klubova, pa su iz druge lige ušli Radnik, Belišće, Pazinka i Segesta, a nitko nije ispao.
Najbolji strijelac: 12 - Ardian Kozniku (Hajduk)
----------------------------------------------------------------------------------------------
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Hajduk
Dinamo
Rijeka
Osijek
Varteks
Zadar
Kamen Ingrad
Inter
Slaven Belupo
Zagreb
Cibalia
Marsonia
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
78
76
42
39
38
32
46
42
40
36
31
25
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Dinamo
Hajduk
Varteks
Kamen Ingrad
Cibalia
Zagreb
Slaven Belupo
Osijek
Rijeka
Zadar
Pomorac
Šibenik
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
78
70
57
44
43
36
40
39
33
33
32
31
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
Zagreb
Hajduk
Dinamo
Varteks
Rijeka
Slaven Belupo
Pomorac
Osijek
Cibalia
Zadar
Šibenik
Kamen Ingrad
H. Dragovoljac
Čakovec
Marsonia
TŠK
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
67
65
59
57
51
42
40
37
36
36
36
35
34
32
30
14
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Hajduk
Dinamo
Osijek
Varteks
Slaven Belupo
Zagreb
Šibenik
Čakovec
Cibalia
Rijeka
Hr. dragovoljac
Marsonia
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
66
65
57
45
44
38
43
39
33
33
33
29
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Dinamo
Hajduk
Osijek
Rijeka
Slaven Belupo
Cibalia
Varteks
Zagreb
Šibenik
Hr. dragovoljac
Vukovar
Istra
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
75
61
53
49
49
45
40
39
34
33
30
30
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Croatia
Rijeka
Hajduk
Osijek
Hr. dragovoljac
Varteks
S. Belupo
Šibenik
Cibalia
Zagreb
Zadarkomerc
Mladost 127
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
45
44
39
30
23
22
29
29
26
25
24
19
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Croatia
Hajduk
Osijek
Hr. dragovoljac
Zagreb
Zadarkomerc
Rijeka
Slaven Belupo
Šibenik
Varteks
Mladost 127
Samobor
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
49
36
32
32
30
21
28
27
27
26
25
21
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
Croatia
Hajduk
H. drago.
Rijeka
Zagreb
Varteks
Šibenik
Osijek
Mladost 127
Zadark.
Segesta
Marsonia
Cibalia
Orijent
Istra
Inker
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
81
60
49
46
45
42
41
41
40
40
39
38
33
26
25
21
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Croatia
Hajduk
Varteks
Osijek
H. drag.
Zagreb
Šibenik
Segesta
Rijeka
Mladost 127
Istra
Cibalia
Inker
Marsonia
32
32
32
32
32
32
34
34
34
34
34
34
34
34
81
60
49
46
45
42
41
41
40
40
39
38
33
26
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
Hajduk
Croatia
Osijek
Zagreb
Marsonia
Varteks
Inker
Segesta
Šibenik
Cibalia
Rijeka
Istra
Zadar
Primorac
Neretva
Belišće
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
65
64
59
53
47
43
39
38
37
37
34
32
31
31
23
16
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
Hajduk
Zagreb
Croatia
Inker
Varteks
Rijeka
Cibalia
Osijek
Segesta
Istra
Zadar
Belisce
Sibenik
Primorac
Pazinka
Dubrovnik
Dubrava
Radnik
34
34
34
34
34
34
34
34
34
34
34
34
34
34
34
34
34
34
50
49
48
42
41
39
35
35
34
34
33
32
32
29
25
23
23
8
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
Croatia
Hajduk
Zagreb
Rijeka
Cibalia
Osijek
Varteks
Istra
Inker
Segesta
Pazinka
Zadar
Radnik
Dubrovnik
Belišće
Šibenik
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
49
42
40
39
31
29
29
28
27
25
25
25
25
25
25
16
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
Hajduk
Zagreb
Osijek
Inker Zaprešić
HAŠK Građanski
Rijeka
Istra
Varteks
Cibalia
Zadar
Dubrovnik
Šibenik
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
75
61
53
49
49
45
40
39
34
33
30
30
2005/2006: DINAMO
DINAMO PRVAK, POVRATAK ŠIBENIKA
Dinamo je poslije tri godine postao prvak i to vrlo uvjerljivo, dok je drugoplasirana Rijeka obranila naslov pobjednika Kupa. Hajduk je odigrao slabu sezonu i završio je kao petoplasirani. Nakon sjajne prošle sezone, Inter iz Zaprešića je ispao iz lige, dok je predzadnje Međimurje i bez dodatnih kvalifikacija ostalo prvoligaš zbog administrativne odluke, jer prve tri momčadi iz druge lige nisu imale propisane uvjete za nastup u prvog HNL. Vratio se Šibenik.
Najbolji strijelac: 22 - Ivan Bošnjak (Dinamo)
----------------------------------------------------------------------------------------------
2004/2005: HAJDUK
ĆIRO BLAŽEVIĆ DARIVAO HAJDUK
Iako je Inter iz Zaprešića odigrao čudesnu sezonu, Hajduk je kontroverznom pobjedom u zadnjem kolu obranio naslov prvaka. Na Poljud je stigao Ćiro Blažević s Varteksom i glatko izgubio, da bi istog dana postao trener Hajduka. Igrači Varteksa su ga optuživali da ih je "prodao". Dinamo je ostvario najgori plasman u povijesti HNL-a, jer je igrao u Ligi za ostanak. Najbolji strijelac sezone bio je Tomislav Erceg, koji je i najzaslužniji što je Rijeka osvojila Kup. Zadar je ispao iz lige, a vratila se Cibalia, dok je Međimurje u dodatnim kvalifikacijama protiv Novalje sačuvalo prvoligaški status.
Najbolji strijelac: 17 - Tomislav Erceg (Rijeka)
----------------------------------------------------------------------------------------------
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Dinamo
Rijeka
Varteks
Osijek
Hajduk
Kamen Ingrad
Pula SČ
Slaven Belupo
Cibalia
Zagreb
Međimurje
Inter
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
76
65
47
44
40
38
45
41
37
37
36
31
 
TABLICA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Hajduk
Inter
Zagreb
Rijeka
Varteks
Slaven Belupo
Dinamo
Kamen Ingrad
Osijek
Pula 1856
Međimurje
Zadar
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32